Durante la visita realizada en mayo de 2010, la Comisión constató que continúan las violaciones a los derechos humanos en el contexto del golpe de Estado. La CIDH recibió información sobre el asesinato de varias personas, entre ellas periodistas y defensores y defensoras de derechos humanos. Asimismo, defensoras y defensores de derechos humanos, periodistas, comunicadores sociales, maestros, sindicalistas y miembros de la Resistencia son objeto de amenazas y hostigamientos.
La CIDH considera que las denuncias recibidas podrían responder al mismo patrón de violencia originado en el contexto del golpe de Estado. Los asesinatos, amenazas y hostigamientos no cuentan con las debidas investigaciones que permitan esclarecer si están o no relacionados con el contexto del golpe de Estado.
En este sentido, la Comisión pudo constatar que continúa la impunidad por las violaciones a los derechos humanos, tanto las verificadas en el informe de la CIDH como en el Informe del 3 de marzo de 2010 de la Alta Comisionada de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos de la ONU. La Comisión fue informada que sólo una persona está privada de libertad por violaciones a los derechos humanos, mientras que otras 12 han sido imputadas pero los procesos no avanzan, entre otros factores, por la falta de investigación de los órganos del Estado, en particular, las fuerzas de seguridad encargadas de realizar las investigaciones. La impunidad generalizada por violaciones a los derechos humanos se encuentra facilitada por decisiones de la Corte Suprema de Justicia que debilitan el estado de Derecho. Además del cuestionado rol de la Corte Suprema de Justicia durante el golpe de Estado, con posterioridad ha decidido, por un lado, sobreseer a los militares acusados de participar en el golpe y por otro, despedir a jueces y magistrados que buscaron evitarlo por vías democráticas.
Asimismo, la CIDH ha otorgado varias medidas cautelares para proteger a personas en riesgo. Tanto las organizaciones de la sociedad civil como los propios beneficiarios han reportado serios problemas en la implementación de las medidas cautelares. Por ejemplo, el periodista Nahúm Palacios era beneficiario de estas medidas de protección cuando fue asesinado el 14 de marzo de 2010. La CIDH urge al Estado de Honduras a cumplir en forma efectiva y a la brevedad cada una de las medidas cautelares otorgadas por la CIDH.
La CIDH reitera su llamado a las autoridades a revisar el Decreto de Amnistía, teniendo en consideración las obligaciones del Estado a la luz de los tratados internacionales y en especial, su obligación de investigar y sancionar graves violaciones a los derechos humanos.
La Comisión valora el nombramiento de la Ministra asesora en materia de derechos humanos. Sin embargo, observa que a la fecha no ha recibido los recursos, mandato y estructura que permitan realizar un trabajo efectivo y de transformación del Estado hacia una cultura de respeto a los derechos humanos. Con la estructura actual, es prácticamente imposible que la Ministra pueda tener un impacto significativo sobre la vigencia de los derechos humanos.
La CIDH denunció en sus Observaciones Preliminares la militarizacion de la sociedad producto del golpe de Estado. En este sentido, se observa con preocupacion que altos mandos del Ejército o ex miembros del mismo contra quienes se han formulado denuncias por su participación en el Golpe de Estado estén ocupando la gerencia de dependencias públicas de alto nivel en el gobierno de Porfirio Lobo. Por ejemplo, el General de División Venancio Cervantes es Director General de la Dirección de Migración y Extranjería (era Sub jefe del Estado Mayor Conjunto al momento del golpe de Estado); el General de Brigada Manuel Enrique Cáceres es Director de Aeronáutica Civil; el ex General Nelson Wily Mejía se halla a cargo de la Dirección de la Marina Mercante y el ex General Romeo Vásquez Velásquez es gerente de la Empresa Hondureña de Telecomunicaciones (Hondutel) (era Comandante en Jefe de las FFAA al momento del golpe de Estado).
La CIDH es un órgano principal y autónomo de la Organización de los Estados Americanos (OEA), cuyo mandato surge de la Carta de la OEA y de la Convención Americana sobre Derechos Humanos. La Comisión está integrada por siete miembros independientes que se desempeñan en forma personal, que no representan a ningún país en particular y que son elegidos por la Asamblea General de la OEA.