Tras el inicio de su tercer año de gobierno, el presidente Manuel Zelaya, llevó a cabo cambios en su gabinete, entre los que sobresale el nombramiento de Mayra Mejia como Ministra del Trabajo y Previsión Social, en sustitución de Ricci Moneada, que ahora se desempeña como Gerente de la Empresa Nacional de Energía Eléctrica (ENEE).
Moneada desempeñó el cargo desde inicios de este gobierno y en muchas ocasiones
demostró voluntad para mejorar el funcionamiento de la institución.
La nueva Ministra, Mayra Mejia, se desempeñaba como Secretaria de Recursos Naturales y antes ocupó diversos cargos dentro del Poder judicial.
Zelaya destituyó a la presidenta del Banco Central, Gabriela Núñez, y nombró en ese cargo al economista Edwin Araque, que fungía como gerente de la Empresa Nacional Portuaria. El Ministro de Segundad, Alvaro Romero, que desde el inicio de su gestión fue duramente cuestionado por los altos índices de violencia, fue cesado en sus funciones, para que su lugar lo ocupara el que venía siendo viceministro, Jorge Rodas Camero.
Asimismo reemplazó a la Ministra (¿e Salud, Jenny Meza, por Elsa Palau, quien ya se desempeñó en ese puesto en la administración de Carlos Flores Facussé. Como Ministro de la Presidencia fue nombrado Enrique Flores Lanza, en sustitución de Yani Rosenthal, quien renunció al cargo para dedicarse a la política.
Alvaro Romero, fue nombrado como embajador en Costa Rica. Milton Jiménez, renunció a la Secretaría de Relaciones Exteriores y su lugar lo ocupa el Diputado Roy Edmundo Orellana. Jiménez hoy se desempeña como asesor legal del Presidente Zelaya. Fueron ratificados los ministros de Finanzas, Educación, Defensa, Gobernación, Comunicaciones, Turismo, Agricultura y Ganadería, Ciencia y Tecnología, Reforma Agraria, Cultura, y Cooperación Internacional.